Bunkestarr är ursprunglig men något kulturgynnad. Den bildar kraftiga tuvor, främst i näringsrika men ibland även i näringsfattiga miljöer.

Typiska växtplatser är näringsrika kärr i anslutning till sjöar, gölar och större vattendrag samt sjö- och åstränder, både på mineraljord och i gungfly. I strömmande vatten ser man den ofta på små grus- eller stenöar. På sjöstränder växer den gärna i anslutning till bäckmynningar, vilket kanske kan sättas i samband med utförsel av näringsrikt slam. En iakttagelse vid sjön Lygnern stöder detta antagande. Här har arten i sen tid etablerat sig vid utloppet av ett bäcksystem som avvattnar stora, granplanterade hyggen (kväveutlakning?). Exempel på kulturbiotoper är dammar och sänkta sjöar.