Kärrsälting är ursprunglig men kulturgynnad. Den växer på havsstrandängar, särskilt i sötvattenspåverkade partier, samt på sjöstränder, i källdråg och vitmossdominerade skogskärrskanter med framträngande grundvatten. I sistnämnda miljö kan den växa rikligt men är oftast steril, vilket också gäller i rikare, igenväxande kärr med mosaik av vitmossmattor. De vanligaste växtplatserna är dock betade, näringsrika eller ganska näringsrika kärr och fuktängar som ofta är något översilade.