Knölsyska är ursprunglig men mycket kulturgynnad. I mer eller mindre naturlig miljö finner man den på skyddade havsstränder, sötvattensstränder samt i alkärr. Vanligast är den emellertid på torr till fuktig mark i anslutning till odlingar, främst åkerkanter, trädgårdsland och diken, samt på fuktig ruderatmark.