Kärrdunört är ursprunglig men kulturgynnad. Den växer på en mängd fuktiga/blöta ståndorter - källor och källflöden samt näringsrika/näringsfattiga kärr, som ibland är gungflyartade och ofta finns i anslutning till sjöar och vattendrag. Andra vanliga växtplatser är alkärr, kärrängar och fuktstråk i naturbetesmarker, märgelhålor, igenvuxna torvgravar och diken.