Dvärgigelknopp är flerårig. Den förökar sig lokalt med decimeterlånga underjordiska utlöpare. Även spridning och etablering från frön har troligen stor betydelse. Dvärgigelknopp är en amfibisk våtmarksväxt som växer på grunt vatten eller våt jord och som trivs både i mycket näringsrika och i näringsfattiga områden. Den är också oberoende av kalk. Arten har stor spridning och finns i de flesta våtmarkstyper som myrar, sumpskog, sjöar och vattendrag men ofta på speciella växtplatser. Den är konkurrenssvag, gynnas av vattenståndsväxlingar och behöver i de flesta fall naken vattenmättad jord och helst dy för att trivas. Vid bäckar och andra vattendrag hittas den ofta på blottade dybottnar eller sandbankar i höljor eller krökar. Den återfinns också i smågölar vid sidan av vattendragen och även i botten av helt isolerade pölar i skogen – gärna omgiven av bårder av blåsstarr eller kaveldun. Arten är uppenbart gynnad av grävningar och omrörning av marken. Diken, vattenfyllda hjulspår och gropar på hyggen är därför några av de vanligaste biotoperna. På myrar återfinns arten i flarkar eller sipperstråk med naken lös dy. Liknande växtplatser finns även i klibbalkärr eller annan sumpskog och i vegetationsrika sjöar där den också växer invävd i flytande gungflyvass-ar av starr och fräken. Arten förekommer även i hällkar vid kusten men inte i bräckt vatten.

Dvärgigelknopp är spridd över hela landskapet. Arten är egentligen vanligare än vad inventeringen visar eftersom de flesta av inventeringens många obestämda igelknoppar säkerligen utgör denna art.
Vanlig (72% och 274 noterade lokaler).