Missnen är ursprunglig. Arten angavs förekomma flerstädes i Gävletrakten vid 1800-talets mitt (Hartman 1863). Arnell (1924b) bedömde den som allmän i landskapet. Förekomsten verkar inte ha förändrats särskilt mycket sedan dess.

Missne är en skuggtålig våtmarksväxt. Den växer nästan alltid mycket blött och oåtkomligt – på lös svart dy i alkärr, på gungfly mot öppet vatten eller som ett grönt täcke över skogens vattenhål. Arten växer ofta i näringsrika slättsjöar men egentligen är den mycket anspråkslös och hittas lika gärna i sura och näringsfattiga skogsvatten. Växten har en viss dragning till finkorniga sedimentjordar och djup torv eller dy och gynnas troligen av sedimentpålagring. Ofta växer arten i lugnflytande skogsbäckar eller i lövkärr med sakta genomrinnande vatten. I större vattendrag finns den ofta i stillastående bakvatten och i avskurna fåror vid sidan av huvudflödet. I vissa tjärnar finns en gungflybård med missne ut mot vattnet men i andra tjärnar saknas den helt. I näringsrika sjöar återfinns den istället innanför vassarna. Missnen är ingen typisk myrväxt men hittas ibland i blöta laggkärr eller i källartade vattenstråk i myrarna.

Missnen bidrar med sina luftfyllda, flytande stjälkar till igenväxning och myrbildning. »Kallan är de döende sjöarnas blomma, de hopsnörda gölarnas vita sorgerop, de igenmossade och myggynglande surhålens lilja« (Jonsson & Jonsson 1979). Ibland hittas också enstaka blad på torrare mark i sumpskog – kanske som en kvarleva från ett tidigt skede i igenväxningen. Arten växer också i djupa vattenförande diken och i anlagda dammar.

Den i särklass vanligaste följeväxten är topplösa (42%) följd av kråkklöver, kabbleka, sjöfräken, älggräs, vattenmåra, flaskstarr, rankstarr och sprängört. Arten blommar samtidigt med ekorrbär, linnea och topplösa. De tunga blomkolvarna vissnar efter frosten och lägger sig på marken eller vattenytan.