Gropnate är ursprunglig. Den angavs förekomma flerstädes i Gävletrakten 1863 men uppgiften omfattar sannolikt även spädnate. Totalt finns ett femtontal äldre fynd som sannolikt avser gropnate. Arten verkar inte ha förändrat sin utbredning de senaste hundra åren.

Gropnaten trivs bäst på solexponerade lokaler med grunt, snabbt uppvärmt och gärna näringsrikt vatten. Den hittas ofta på finkorniga eller dyiga bottnar i stilla vatten – gärna vid långgrunda öppna stränder eller i småvatten vid sidan av större vatten. Gropnaten kan snabbt kolonisera och bilda massvegetation i nyanlagda vattenmiljöer som dagvattendammar, övergivna torvtäkter eller öppna diken.

Vanliga följeväxter är vattenbläddra (31%), svalting, andmat, gäddnate, sjöfräken, flaskstarr, bredkaveldun, hårslinga, lånkearter och dvärgigelknopp.