Sköldmöja växer i sött vatten. Den förekommer mest i vikar i stora näringsfattiga eller måttligt näringsrika sjöar och i Dalälven och andra större vattendrag. Sköldmöjan växer i likhet med vitstjälksmöjan mest på hårdbottnar av sand, grus eller sten och ofta på en halv meters djup men ibland djupare. Den klarar också att växa i strömmande vatten och kan då lokalt uppträda i stor mängd.

Arten har en ojämn utbredning som är svår att förklara.
Mindre vanlig (18% och 60 noterade lokaler).