Pepparroten förekommer både som kvarstående gårdsväxt vid ödegårdar och tomtplatser och som ruderatväxt på soptippar och trädgårdsutkast. Den har också hittats längs vägkanter och i åslänter vid broar eller i andra öppna och näringsrika gräsmarker i kulturens närhet. En till synes naturaliserad förekomst har påträffats på ett litet skär i Gävlebukten.

Mindre vanlig (24% och 68 noterade lokaler).

lokaler (naturaliserad)
1. Gävle, Yttre fjärden, Rörmarsgrund, 13H7g 6735153 1582214, trädlöst skär 1–2 m öh i öppen havsvik, strand med stor andel kalk, eutroft svantillhåll, en stor grupp plantor 2002 (PST).