Dvärghäxört är ursprunglig. Den angavs som sällsynt i Gävletrakten på 1800-talet. Ett rätt stort antal äldre uppgifter finns från sammanlagt 23 lokaler. Arten har troligen minskat en del sedan 1800-talet. Flera förekomster särskilt kring Gävle är bevisligen försvunna. Arten är känslig för modernt skogsbruk och många lokaler har skadats eller förstörts vid ovarsam avverkning eller skogsdikning.

Dvärghäxört fordrar fuktig skogsmark som påverkas av genomströmmande eller framträngande grundvatten. Man finner den vanligen i gran- eller lövskog längs bäckraviner, källbäckar och i alkärr med mullrika eller vattenmättade mjuka sedimentjordar. Dvärghäxörten förekommer ofta i fläckar med bar jord, t.ex. i rotvältor eller i mattor av stjärnmossor. Ofta finns en frodig växtlighet av ormbunkar, fräkenarter och krävande örter som gullpudra, lundarv och bäckbräsma.

Dvärghäxörten är en bra signalart för värdefulla skogsmiljöer. Den förekommer aldrig i kulturskapade miljöer och får betecknas som kulturskyende.

Den vanligaste följeväxten är harsyra (64%) följd av revsmörblomma, hallon, skogssallat, ekbräken, skogsbräken och gran.