Mannagräset är ursprungligt. Arten anges som allmän i alla gamla botaniska referenser.
Arten har små näringskrav och växer både i näringsrika och i näringsfattiga och ganska sura vattenmiljöer. Den har svårt att hävda sig i sluten vegetation i form av starr- och bladvassar och behöver naken jord, oftast blöt sand, lera eller gyttja för att trivas. Växten gynnas därför av omrörning och dessutom av stora vattenståndsvariationer. Mannagräset är vanligast i diken, kanali-serade småbäckar, och vid stilla vatten och torrfåror till större vattendrag. Arten förekommer i allmänhet rikligare vid de större näringsfattiga sjöarnas dyiga stränder än i de näringsrika slättsjöarna. Den trivs också utmärkt vid strandbeten där det finns trampad och nött mark.
Mannagräset växer gärna öppet men hävdar sig bra även i skugga. Växten är överlag väl spridd i skogen där den ofta påträffas längs skogsdiken och i avvattningsstråk och vattensamlingar i sumpskogar och alkärr.
Typiska följearter är svalting (28%), topplösa, kabbleka, ältranunkel, revsmörblomma, skogssäv, flaskstarr, sjöfräken, vattenmåra och veketåg.