Gaffelbräken växer i klippskrevor på naket berg. Den finns oftast på basiska bergarter som gabbro eller diabas och gynnas i landskapet uppenbarligen av inslag av kalkrika eller åtminstone mer lättvittrade mineral. Enstaka förekomster finns även på sura bergarter utan annan rikare flora. Växten är ganska ljuskrävande och påträffas mest i klippor exponerade mot söder, sydost eller sydväst. Bara en känd lokal är nordexponerad men med stora öppna hällar. Den förekommer sällsynt även i odlingsrösen i hagmarker eller i gamla varphögar. Arten förekommer ofta ganska fåtaligt med ett par, tre tuvor. Lokalerna är uppenbarligen ofta mycket gamla och någon ny etablering på kulturskapade brottytor har inte noterats.

Sällsynt (15% och 70 noterade lokaler).

Hybrider
Hybriden mellan gaffelbräken och svartbräken, A septentrionale × trichomanes, har påträffats på några lokaler.
1. Gävle, Gråberget (CO Östling enl Wikström 1824), mer än 40 ex 1916 (Rosendahl 1918), mfl rapportörer, 13H7g 6737250 1582850 bla, 1983–84 (B-O Lundinger & PST).
2. Hamrånge, Jon-Jonsberget, 14H1d 6756250 1568350, grönstensknalle 1993 (DIN).
3. Vibyberget (Ahlner 1927), 14H1d 6758450 1566750, berg med kalkhaltig brant mot SO–O 1993 (DIN).
4. Norrsundet på Fårholmen, 14H1e 6758750 1574150, 10–15 m höga SV-exponerade öppna grönstenshällar mot havet, klippängsflora, 1 ex 1993 (PST).

Äldre uppgifter
Hybriden är tidigare känd även från följande lokaler: Gävle, Vallbacken 1813 (CO Östling enl Hartman 1818); Valbo, Alvik–Knaperåsen 1977 (G Eriksson i eget herb).