Nejlikrot är ursprunglig i landskapet. Den anges som tämligen allmän i Gävletraktens växter 1848. Ett gans-ka stort antal äldre fynd har också specificerats. Den har återfunnits i närheten av alla gamla lokaler men också hittats på många nya lokaler särskilt i västra delen av landskapet. Av allt att döma har nejlikroten expanderat mot norr och väster.
Nejlikroten är oberoende av kalk men starkt näringsgynnad. Den växer gärna i skugga av lövträd men kan någon gång växa öppet på torrbackar. Typiska miljöer är gamla parker, bruksmiljöer, ödetomter samt igenväxande trädgårdar och hagmarker. Den växer också som ogräs i häckar i samhällen och på komposthögar och trädgårdstippar. Nejlik-roten är ganska vanlig i lövbårder efter kusten där havtorn och al skapar naturligt kväverika lundar. Arten är i övrigt starkt knuten till kulturen och lämnar sällan bebyggelsen utom synhåll.
Den vanligaste följeväxten är brännässla (35%) följd av hundkäx, hundäxing, hallon, lönn, kirskål och hägg. Nejlikroten börjar blomma med ekorrbär och linnea.