Nagelörten är ettårig, höstgroende och fröföryngrad. Den är konkurrenssvag och beroende av blottad mineraljord för att etablera sig. Arten växer torrt och soligt, på sandig eller grusig mark, ofta på tunna jordar på eller i kanten av hällar eller uppstickande block. Typiska växtplatser är sandiga eller bergiga betesmarker, hällmarker vid bebyggelse, gistvallar, gårdstun, soliga slänter, badplatser och torrbackar. Nagelörten har ekologiska likheter med sanddraban men är betydligt vanligare. Arten förmår utnyttja små men permanent vegetationsfria fläckar lite varstans i kulturlandskapet. Den har således noterats från stenmurar, brofästen, erosionshak i betesmarker, barfläckar och uppstickande hällfragment i gräsmattor, torra gräsytor vid husväggar, stentrappor, barjordsfläckar vid gungställningar etc. Arten vill ha kontinuerligt och lätt nötta marker och förekommer sällan eller aldrig på tippar och liknande ruderatmarker.

Mindre vanlig (26% och 160 noterade lokaler).