Fyrkantig johannesört är en gammal kulturföljeslagare med stor spridning i landskapet. Den saknar naturliga växtplatser och är primärt knuten till odlad mark. Den beskrivs som allmän eller tämligen allmän i tidigare botaniska förteckningar.
Förutom på allehanda kulturmarker har arten också hittats på öppen skogsmark under kraftledningar och sparsamt på stränder längs rinnande vatten.
De vanligaste följearterna är röllika, midsommarblomster, rödven, kråkvicker, stormåra och blodrot.