Nästroten är ursprunglig. Den uppgavs som sällsynt i Gävletrakten 1848 och 1863 och fyra lokaler preciserades vid denna tid. Totalt är 25 gamla lokaler kända.
Nästroten är en krävande skogsväxt som bara hittats på starkt kalkpåverkade jordar. Arten växer på mullrik, blockfattig mark med rörligt grundvatten. Den har mest hittats i utströmningsområden vid basen av sluttningar. Den återfinns ofta i själva fastmarkskanten mot sumpskog men ibland även i fuktig men aldrig blöt sumpskog. Nästroten har i princip samma krav på växtplatser som guckusko. Den kräver ungefär lika stor kalkpåverkan men är inte fullt så kräsen på skogstyp och är troligen mer lättspridd. I den kalkrika Gävleskärgården etablerar sig arten redan i lövskogsbältet. Nästroten förekommer både i granskog och lövskog liksom i gammal och ung skog från åtminstone 30–40 års ålder och uppåt. Arten har inte hittats på äldre hyggen och försvinner troligen efter kalavverkning. Eftersom växten inte har någon fotosyntes kan den växa i mycket tät skog utan annan undervegetation. Normalt finns dock ett örtrikt fältskikt där andra krävande växter ingår.
De vanligaste följeväxterna är gran, stenbär (52%), blåsippa, vitsippa, harsyra, älggräs, liljekonvalj och bergslok. Nästroten kan någon gång växa i dikeskanter men får annars betraktas som kulturskyende.
Nästroten blommar efter guckuskon samtidigt med ekorrbär, stenbär, ängsnycklar och sårläka. Den sätter ofta frukt och bildar hårda vinterståndare som kan stå kvar flera år. Nya blomstjälkar kommer aldrig upp på samma ställe som de gamla och troligen flyttar jordstammen runt i marken. Fröna är små och sprids med vinden.