Fjälligelknoppen är flerårig. Den kan spridas lokalt med underjordiska utlöpare. Spridning och etablering från frö är troligen inte ovanlig. Fjälligelknoppen växer i små kalk- och näringsfattiga skogsbäckar – oftast med brunfärgat humöst vatten. Den har nästan genomgående hittats i lugnflytande delar med sandiga, grusiga eller dyiga bottnar. Den växer ofta på halvmeterdjupt vatten men vattenståndet varierar och kan vara nästan obefintligt under torrperioder. Lokalerna ligger relativt högt, 185–300 m ö.h. Ofta saknas följeväxter men rostnate, flaskstarr och gyttrad igelknopp har noterats som sällskap. Bäcknate, som har liknande ekologi, finns ibland i samma vattendrag.

Fjälligelknoppen befinner sig på sin sydostgräns i landet. Något sydligare lokaler finns i Värmland och Dalarna.
Mycket sällsynt (2,5% och 8 lokaler).

1. Ovansjö, Sörjabäcken vid Jokkara 1948 (Wiger 1965) = Sörja-bäcken nedströms Hässjöängen, 13G7g 6738250 1533050, oligotrof skogsbäck med varierande djup och grus-stenbotten 1992 (GUL).
2. Ockelbo, Jädraås, Kolkilampbäcken 1956 (Wiger 1965) uppströms Likaso, 13G9g 6747250 1534450, orörd något nedskuren skogsbäck med småforsar och stora block i botten, på fuktig sand 1992 (GNI & PST).
3. Jädraån, 1 km NO Rönnback-Holmsjön, 14G0f 6754550 1528550, å med halvmeterdjupt svagt strömmande vatten, på dyig botten 1997 (BNO).
4. Panerabäcken, 14G2d 6763650 1519850, liten bäck med humöst vatten 2000 (MBE).
5. Lövtjärn, Nedre Knottåsen, bäck från Storslåtten, 14G3e 6765350 1523150, liten rensad skogsbäck, sandig botten 1995 (PST).
6. Lövtjärn, Lövåsbäcken vid Långmuren, 14G3e 6766650 1522950 och 6766450 1523050, lugnflytande skogsbäck på sandbotten 1995 (PST).
7. Lövtjärn, Stor-Lövåsen, 14G3e 6765650 1523950, vattensamling med 3 dm djupt klart vatten i vägdike till skogsväg 1995 (PST).
8. Svartabborrtjärnsbäcken, 14G3h 6767854 1536299, ca 2 m bred skogsbäck med block och sandiga bottnar, helt orörd, omgiven av gammal skog 2008 (PST).