Flenörten är flerårig. Den har en kort horisontell jordstam med knölformigt förtjockade ledstycken från vilka nästa års blomskott bildas. Växt-en är fröspridd. Flenörten är oberoende av kalk men ganska näringskrävande. Den växer på frisk eller fuktig mark och gärna på mull- eller lerrika jordar. Arten kan växa både öppet och i skugga. Den är inte så konkurrenskraftig och trivs inte i tät vegetation utan gynnas av omrörning och blottad jord. Flenörten förekommer naturligt vid näringsrika vattendrag och i rika skogsmiljöer. Typiska och troligen ursprungliga biotoper är framför allt lövrika svämskogar och gråvidesnår, särskilt på flacka strandplan där marken berikas av näringsrika svämsediment. Rika strandsnår och lövbårder vid havet är troligen också exempel på naturliga miljöer. Arten är dock vanligast i kulturlandskapet och återfinns här lite varstans men ofta i slänter där det tippas jord och stenmassor eller trädgårdsavfall. Flenörten förekommer också längs diken, i vägkanter, på industriområden, i grustag, på kanalstränder och i övergivna trädgårdar och på obebyggda tomtplatser.

Arten förekommer nästan alltid sparsamt på sina växtplatser och har inte noterats i större mängd under inventeringen. Flenörten är sydlig och blir ganska kustbunden längre norrut. I nordväst är den ovanlig.
Vanlig (73% och 365 noterade lokaler).