Loppstarren bildar små löst sammansatta tuvor. Arten är bunden till områden med kalkrika jordar där den växer på fuktig mager mark på gränsen mellan myr och skog – nästan alltid på översilad eller växelfuktig mark med tunt eller obefintligt torvtäcke och med kalkrikt grundvatten nära markytan. Typiska växtplatser är fuktängs- eller fukthedsartad vegetation och små kärr på eller i anslutning till havsstranden samt halvöppna skogskärr och örtrika fuktstråk i bergssluttningar. Många rika loppstarrlokaler finns i liknande vegetation i kraftledningsgator. Arten växer både i gles skog och på öppen mark. För god frösättning och nyetablering behöver den öppna förhållanden. Den lever dock ofta kvar i tät skog trots dålig fruktsättning, men arten är generellt sett känslig för igenväxning och eutrofiering. Inga fynd har gjorts i naturliga fodermarker, vilket är vanligt i sydligare landskap.

Arten har bara hittats i områden med större kalk- eller grönstensförekomster. Den är sannolikt ofullständigt spridd och har märkligt nog inga kända lokaler i Torsåkers kalktrakter. Växten är säkert något förbisedd då vegetativ loppstarr är svår att skilja från kruståtel.
Sällsynt (3,5% och 36 lokaler).