Europa, Västasien. I Sverige upp till Medelpad. I Sörmland mindre allmän – (10%). Vattenstäkran är tvåårig och kan variera starkt i antal på sina lokaler. Den förekommer vanligen i grunda, vindskyddade vatten, helst i näringsrika trakter. Ofta växer den på bar dy i högörtzonen innanför bladvassbältet vid våra slättsjöar tillsammans med arter som vattenskräppa, brun- och nickskära, sprängört och andmat. Arten växer också i åar, diken och dammar på lergrund där den kan bilda bottenvegetation ned till någon meters djup. Med sina luftfyllda stammar som flöte kan blomstjälkarna ändå nå över vattenytan. Vattenstäkran trivs även i fullt slutna alkärr, där den främst bebor de periodvis vattenfyllda sänkorna mellan trädens socklar. Arten har minskat starkt under 1900-talet på grund av upphörande strandbete.