Europa, Nordafrika, Väst- och Centralasien, Nord- och Sydamerika. I Sverige längs kusterna norrut till Gästrikland. I Sörmland tämligen allmän i kusttrakterna, särskilt i Bälinge samt på kalköarna i Stockholms skärgård – (4%), förbisedd på grund av sin litenhet. Dvärgarun är en liten ettårig, vårgroende ört. Den växer på flacka, tidvis översvämmade havsstränder i lågvuxen, ofta artrik gräs–starrvegetation. Arten är konkurrenssvag och för sin groning fordrar den markblottor där gräsfilten inte är för tät. Vissa år, t.ex. efter extremhögvatten när delar av vegetationen dött, kan den vara mycket talrik, andra år ser man den knappast alls. Dvärgarun har minskat genom strandängarnas igenväxning.