Europa, Nordasien, Nordamerika. I Sverige nästan hela landet, norrut sällsyntare. I Sörmland tämligen sällsynt – (8%). Dvärghäxörten växer vanligen i gran- eller alskog med källflöden och i skuggiga bäckraviner. Den gynnas tillfälligt av dikningsingrepp, då den snabbt koloniserar tidigare vattenfyllda ytor. Den missgynnas emellertid starkt av uthuggningar och utglesningar, eftersom detta bidrar till minskad luftfuktighet. Dvärghäxörten tillhör ett komplex av skuggfördragande arter som skärmstarr, springkorn, strutbräken, skogsbräsma och gullpudra, vilka alla är känsliga för dikning och avverkning.