Europa. I Sverige sydöstlig från Götaland till Gästrikland. I Sörmland tämligen sällsynt, mest i Mälarregionen och i kalktrakter, mycket sällsynt i skärgården – (5%). Säfferoten är flerårig och växer på torr, kalkrik mark, särskilt i torrbackar med kalkrik morän, ibland på hyllor i kalkberg. I Mälarområdet är arten typisk för åspartier med näringsrik sand och växer då ofta tillsammans med backsippa, flentimotej, backtimjan och fältmalört. Ibland koloniserar den kalkbrottsbottnar eller renar av kalkgrusade vägar. Arten har gått starkt tillbaka under 1900-talets andra hälft och är nu försvunnen från många av sina tidigare lokaler, säkerligen på grund av landskapets igenväxning.