Europa, norra Asien, Nordamerika. I Sverige hela landet. I Sörmland allmän, jämnt spridd – (62%). Kärrdunört växer främst i näringsfattig fuktmark, ofta i tidigare genom bete eller slåtter hävdade fattigkärr och fuktängar. Den är också regelbunden i rikkärr. Arten växer i motsats till andra dunörtsarter vanligen i sluten vegetation men koloniserar också bar jord i nyanlagda diken. Arten har minskat sedan förr genom dikning av fuktmarker och upphörd myrslåtter.