Ljungögontröst är en ettårig, ljusälskande och mycket konkurrenssvag, halvparasitisk växt som alltid växer tillsammans med ljung Calluna vulgaris. Man kan finna den, ofta ganska rikligt, på sandiga, torra till friska, ogödslade gräs- och örtrika ljungmarker - särskilt måttligt betade kusthedar men även obetade hedfragment och vägkanter. Arten gynnas av bränning och landskapets rikaste lokal finns inom ett militärt skjutfält, där man då och då skyddsbränner den kustnära ljung-/fuktheden. Ljungögontrösten är endast funnen på kulturpåverkad mark, men den kan eventuellt vara ursprunglig i strandnära klipp- och hällmarksterräng med strängar av ljunghedsvegetation. Vid Vänern och Bohuskusten har man funnit den i sådan miljö (Karlsson 1992).

Ahlfvengren (1924) betecknade ljungögontröst som allmän bland ljung, vilket förvisso inte stämmer idag, även om den skulle vara något förbisedd. Artens kraftiga tillbakagång i landskapet kan förklaras av ljunghedarnas beskogning och igenväxning i förening med att bränning och extensivt bete på kvarvarande ljung marker blivit allt ovanligare. Även om hävden återupptas återkommer arten som regel inte eftersom frönas grobarhetstid är kort (Karlsson 1992). Det är angeläget att växtplatser med ljungögontröst skötes på lämpligt satt: ingen gödsling, måttligt kreatursbete eller slåtter samt gärna bränning tidigt på våren.