Klockgentiana är ursprunglig på flacka mineraljordsstränder vid näringsfattiga sjöar samt längs bäck- och åstränder i myrrika skogstrakter. Där växer den i fukthedsvegetation bland främst pors Myrica gale och blåtåtel Molinia caerulea. Arten är emellertid betes- och brandgynnad och fuktiga naturbetesmarker, både vid havet och i inlandet, brukar hysa individrika förekomster. Landskapets rikaste lokal är dock en obetad fukthed vid havet, som från och till hävdas genom bränning.

Klockgentiana har i likhet med övriga gentianor gått tillbaka under 1900-talet, men inte i samma katastrofala omfattning som dessa. Många växtplatser i jordbruksbygder har utplånats genom torrläggning och uppodling, igenväxning/plantering samt byggverksamhet.

Rikare klockgentianalokaler bör skyddas och hävdas på lämpligt sätt, dvs främst genom kreatursbete och utan att gödslas. Även bränning kan i vissa fall vara lämpligt.

Den sällsynta alkonblåvingen Maculinea alcon, som är bunden till klockgentiana för äggläggning och tidig larvutveckling, finns på några av landskapets individrikaste växtplatser för klockgentiana.