Vattenpilört är en ursprunglig men kulturgynnad flytbladsväxt som också kan växa på land. Som vattenväxt är den beståndsbildande i näringsrika eller ganska näringsrika vatten - sjöar, åar med sakta rinnande vatten, dammar, märgelhålor, havsnära strandgölar och någon gång större diken. Den saknas i torvmarks vatten. På land växer vattenpilört på stränder och i fuktsänkor i betesmarker men framfor allt på åker- och vägrenar samt diverse ruderatmarker, både torra och fuktiga.