Nejlikrot är ursprunglig men starkt kulturgynnad. Den växer i friska/fuktiga lövblandskogar och alkärr men framför allt, och oftast rikligt, på en mängd olika kulturståndorter som lövdungar och lövridåer i betesmarker, renar, bryn, gärdesgårdar, snår, häckar, parker och olika ruderatmarker.

Nejlikroten har ökat i frekvens under senare delen av 1900-talet. Troligen gynnas den av den rika tillgången på igenväxningsmarker och av kvävenedfallet.