Bäcknate är en ursprunglig men kulturgynnad flytbladsväxt. Den växer beståndsbildande i källflöden, småbäckar och diken, främst i skogs- och myrmarker men också i gölar vid havet. Oftast är växten rotad i ett tjockt dylager och vattnet starkt brunfärgat av humus samtidigt som en skimrande hinna av järnutfällning täcker ytan (Linnes ” Tunica argentea”). Några enstaka fynd har gjorts på grunt vatten i sjöar med näringsfattigt vatten.