Smånunneört är ursprunglig. Den växer på mullrik mark i ädellövskogar, hasseldungar och lövbryn, gärna i anslutning till bergkullar med inslag av basiska bergarter. Vanliga följeväxter är skogsbingel Mercurialis perennis, desmeknopp Adoxa moschatellina, blåsippa Anemone hepatica och vårlök Gagea lutea.

En jämförelse mellan aktuell frekvens och Ahlfvengrens från 1924 tyder på att arten ökat under 1900-talet. Om ökningen är verklig, och inte skenbar på grund av olikheter i undersökningsmetoder, kan den vara en följd av att många ängs- och betesmarker vuxit igen till lövskog.