Gaffelbräken växer i klippspringor i ljusöppna branter eller på flackare berg med klippängsvegetation. Arten sägs ofta sky kalk, men i Sörmland är den vanlig på kalkbergen. Den sitter då nästan genomgående på de svårvittrade leptitstråken, sällan direkt på urkalken. Arten slår sig gärna ned i brott och skärningar, t.ex. utmed järnvägar. Fördelningen i landskapet är möjligen klimatisk, men kan kanske också bero på biotoptillgång. Hybriden med svartbräken är inte ovanlig där arterna växer tillsammans – (5%). Hybridexemplar hittas oftast på silikatberg där endast vanlig svartbräken förekommer, men även här och där på kalkbergen. Om även kalksvartbräken i dessa fall är inblandad i hybridiseringen är inte undersökt.