Flentimotej växer på torrängar, särskilt på kalkrika, örtrika moränbackar med backklöver. I Mälarområdet förekommer den på varma, betade åsslänter, ofta tillsammans med backsippa. Arten är starkt slåtter- och betesgynnad. Den minskar för närvarande genom upphörande bete men tuvorna är långlivade och på många håll är arten ännu kvarstående i hög gräsvegetation långt efter det att betet upphört.