Nordvästra Europa, Kanada. I Sverige nästan hela landet. I Sörmland mindre allmän, i slättbygderna sällsynt – (10%). Notblomster är flerårig och växer i näringsfattiga sjöar, på bottnar av sand, mo eller mjäla. Bladrosetterna befinner sig i regel på ett djup från ett par decimeter ned till en meter. För sin fotosyntes är växten beroende av klart vatten med liten sedimentation. Den har ofta använts som renvattenindikator i naturvårdssammanhang, vilket kan vara missvisande, då arten förutom klart vatten även ställer krav på bottnarnas struktur, vilket gör att den saknas i många rena sjöar. Notblomstret har under 1900-talet minskat och försvunnit helt från t.ex. Mälarens stränder där den förr var vanlig. Utsläpp av gödande ämnen till sjöar har ökat algproduktionen, vilket påverkat sjöarnas siktdjup och sedimentavlagring till men för notblomstret och andra ljuskrävande bottenväxter. I Götaland hotas arten också av försurning, vilket ännu inte verkar vara fallet i Sörmland.