Långnaten växer vanligen i större sjöar och åar, en gång rapporterad från Östersjön i Stadsfjärden vid Nyköping (Blom 1916). Arten växer vanligen på djupt vatten, ofta ned till 3–4 m. Den bildar ofta blommande bestånd i sjöarnas öppna vatten utanför vassbältena. Långnaten föredrar klart, näringsrikt men ej övergött vatten. På några lokaler växer den närmast i fattigsjöar.