Loppstarren växer i kalkrika fuktängar och fuktängsfragment med låg, men ofta tät vegetation av gräs och örter, gärna i kanten av kalkkärr, ibland på hällar med översilande grundvatten. Utanför kalktrakterna är den beroende av rörligt markvatten eller hävd, så t.ex. vid Skogstorp i Öja, där den förekommer massvis tillsammans med nålstarr, ängsstarr och hartmansstarr i en beteshage som tidigare varit slåtteräng. Den koloniserar ibland mera kortvarigt störd mark i vägdiken eller på fuktiga hyggen, och det är kanske på sådana lokaler man numera oftast stöter på den. Loppstarr konkurreras snabbt ut i högväxt vegetation och den är därför känslig för igenväxning. Den är nu på många ställen försvunnen eller försvinnande på grund av upphörande hävd. Arten är sårbar och fortsatt bete bör ske på lämpliga lokaler.