Vattenfräne förekommer på insjösträndernas blotta­de lera eller sand, eller på driftvallar, ofta vid bryg­gor, båtlänningar och brofästen. Ibland växer den också på flytande öar av vass och jätte gröe. Arten är flerårig och sprids till stor del med skottbitar i drif­ten.

Europa, Asien. I Sverige lokalt från Skåne till Upp­land.