Flaskstarr är den dominerande starrarten i skogsområdenas våtmarker. Den växer på myrarnas låglänta partier, ofta tillsammans med trådstarr C. lasiocarpa, men är mer anpassad till näringsfattiga vattenrika marker än denna. Flaskstarren finns regelbundet i fattiga och medelrika kärr – däremot kan den någon gång saknas i tuviga och torrare rikkärr. I myrarnas blötare partier täcker den ofta stora ytor, särskilt vid drag och utlopp. Den är också vanlig kring myrtjärnar och myrbäckar och på vattenfyllda flarkytor. I kustmossarna växer den i laggkärren.
Dessutom är flaskstarr en mycket vanlig strandväxt vid sjöar och tjärnar, särskilt i näringsfattigare trakter. Ofta bildar den breda bälten i långgrunda vikar och sund i skogssjöarna. Den växer gärna på ansamlat organiskt material, t.ex. vid bäckutlopp. I odlingsbygdernas sjöar och mindre vatten blir den gärna storvuxen, t.ex. i Sörbjörken i Njurunda och Mellansjön i Torp. Längs skogsåarna finns den i lugna partier och på kärriga, tidvis översvämmade stränder; i bäckar ses den ibland i dyiga höljor. På sedimentstränder vid älvarna förekommer den däremot bara sporadiskt. Den koloniserar grävda, vattenförande torvdiken och påträffas ibland i blöta vägdiken. Den kan också växa i vattenförande odlingsdiken, kulturbäckar liksom i korvsjöar, t.ex. vid Ljustorp Mjällåsen, ofta i skuggiga, kalla lägen.