Dvärgvårlök är mer kulturbunden och växer torrare och mer solöppet än vårlök G. lutea. Den är konkurrenssvag och beroende av tramp och kulturpåverkan. Ymnigast ser man den på tunt jordtäckta hällmarker i kustbygden. På våren bildar den där ofta sammanhängande, bjärt gröna bladmattor – ofta står den i en bård på det tunnaste jordlagret ut mot den nakna hällen. Den kan också påträffas på gårdsbackar och i näringsrikare ängskanter, t.ex. i norra Alnö, då ibland i högörtsamhällen. Vidare kan arten komma in i gräsmattor och i parker. I Njurunda har den setts i tramperoderad betesmark. Ibland växer den mer enstaka i lövbryn tillsammans med vårlök.
Dvärgvårlök tycks vara mer kalkgynnad än vårlök och går inte lika långt in i landet som denna. Anmärkningsvärt är att båda arterna är ovanliga i Tynderö. Deras utbredning är sannolikt främst klimatiskt betingad och verkar inte nämnvärt ha förändrats på hundra år (jfr Collinder 1909).