Krustistel tycks vara en växt som tagit till uppgift att dölja människans skräphögar. Det gör den effektivt genom sina täckande bladrosetter och sin storvuxenhet. Den är typisk på t.ex. tegelhögar, rivningstomter, industrimark m.m. I Njurunda Galtström är den mycket riklig på gamla slagghögar, troligen gynnad av underlaget. Krustisteln växer även på multnande organiskt material som soptippar och rishögar, samt på jordhögar, jordvallar och utfyllnader och i grustag. Den växer gärna i näringsrika vägslänter, helst nyrörda eller halvöppna. På jordbruksmark finns den sällan som odlingsogräs utan vanligare i eroderade kanter, hårdbetade bäckdalar, igenväxande markblottor etc. Sina största förekomster har den vid kusten och i dalbygderna, men den ses regelbundet även på skogsodlingarna. Den växer gärna i halvskugga och inte alltför torrt. Inte sällan ses den i kulturnära skog, t.ex. i alskog eller i förnarika traktorspår, och den går in på näringsrika hyggen. Den är även spridd till sydberg som Siljeberget i Selånger.