Lopplummer föredrar fuktiga och skuggiga växtplatser med hög och konstant luftfuktighet men har små krav på näringstillgång. Den uppträder lite oberäkneligt i många skiftande miljöer, liksom undanträngd till udda ståndorter, och är vanligen påfallande fåtalig. Den växer på bergsklippor, helst i nordsluttningar, men är även sedd i sydbranter. Den kan – ofta som enda kärlväxt – klänga fast i sprickor och mosskanter på ganska branta hällar.
I skog finns den inte i marktäcket utan ses bara där detta är uppbrutet, t.ex. på ovansidan av större, mossklädda block eller på tuvor i sumpskog. Vid skogsbäckar dyker den upp speciellt i steniga partier, t.ex. där bäcken går genom ett skravel eller i en ravinbildning. På myrar kan den någon gång ses på tuvor i kantzonen, oberoende av myrtyp. På nydikade myrar har den setts kolonisera det försvagade myrplanet. Man kan även påträffa lopplummern på sjöstränder, men där håller den sig på strandens allra översta del, ofta bland stenar. Lopplummern saknas i stort sett på kulturmark och ses t.ex. inte kolonisera fuktiga markblottor i den miljön.