Hästsvans växer i djup gyttja eller dy på grunda bottnar med lugnflytande eller stillastående vatten. Den förekommer regelbundet i sin miljö och tycks vara lika frekvent i rikområden i låglandet som i sura, högre skogsområden. En typisk biotop är åarnas lugnpartier med sedimentbottnar, där arten dyker upp ovan vattnet under högsommaren. I djupare och mer strömmande vatten är den ofta submers och bildar långbladiga kolvar, helt olika de uppstickande ”svansarna”. I bäckarna växer den främst vid utlopp, ibland i större höljor. Arten finns även i deltan, som i mer eller mindre avsnörda fåror i Indalsälvens delta, liksom i suråar. I sjöar – såväl i näringsrika, kustnära som i högt belägna tjärnar och skogssjöar – förekommer den i långgrunda vikar eller i avsnörda laguner, ofta bland gles flaskstarr Carex rostrata eller sjöfräken Equisetum fluviatile på ett par decimeters djup. Någon gång ses den i växelblöta höljor och tuviga kärr i skogsmark eller mer öppna kärr som i Hammermyra Hässjö. Den finns också i skyddade miljöer vid havsstranden och i hällkar. Mer sällan ser man den kolonisera dammar och diken.