I fuktig granskog utgör bestånd av skogsfräken ett iögonfallande inslag. När solstrålarna någon gång letar sig in mellan stammarna ger fräkenmattan ett trolskt skimmer åt skogen. På senhösten slås skogsfräken ut av de första frosterna och ligger blekvit på marken. Skogsfräken är framför allt typisk för näringsfattig gransumpskog, medan motsvarande mark i rikare skog domineras av högörter, särskilt ormbunkar. Arten finns också på granbevuxna myrar och myrkanter och följer i svackor kring bäckar och åar i skogen. Den ses även i vide- och björkdominerad sumpskog samt strandbårder vid skogssjöar och tjärnar. På hyggen kan den torka ut men koloniserar planteringsgropar, diken längs skogbilvägar och myrdiken.
Skogsfräken kan märkligt nog även uppträda i helt annan miljö, på helt torra och soliga ställen. I synnerhet i skogsbygden finns den kring gårdar och är där t.o.m. ett av de vanligaste åkerogräsen. När den växer så, blir den förkrympt och får en ljusare grön ton. Trots det tycks den oftare vara fertil i dessa öppna lägen än i skogsmiljön.