Den småväxta hundstarren trivs främst i lågvuxen vegetation på fuktig mark. Den är typisk på ytor påverkade av rörligt grundvatten men kräver inga rika förhållanden. Som myrväxt förekommer hundstarr gärna på små sluttande, fattiga bergsmyrar – främst i öster – eller på större myrar i utloppen och i källdrag i gränsen mot fast mark. Den spelar också en viktig roll i rikkärrens blöta höljeplan på fastmattor. I skogstrakter förekommer den i växelblöta, avloppslösa små skogskärr, drol. På stränder kan den dyka upp i svackor med gles vegetation, helst på morän eller i fuktig sand, vid kusten också i hällkar. Hundstarrens största förekomster finns dock på kulturpåverkad mark, där den gynnas av tramp och annat slitage. Den växer gärna på blöta betesmarker, stigar och småvägar. En typisk men försvinnande miljö är sipperytor i lågvuxna slåtterängar. Hundstarren kan ändå hålla sig kvar när dessa förvandlas till gräsmattor. Ibland etablerar den sig i nyare dikeskanter, t.ex. längs skogsbilvägar.