Nejlikrot har sin viktigaste hemvist i torra, varma lövlundar i kustområdet. Den fordrar näringsrika förhållanden, möjligen är den också gynnad av kalk, vilket kan indikeras av den höga frekvensen i södra Hässjö och norra Alnö. Arten finns även på surt silikatunderlag som i Indal, där den istället fordrar gynnade lägen i sydsluttningarna mot Indalsälven. Vid kusten kan den växa skuggigt inne i lundar av gråal och hägg och klarar också kraftiga uppslag av nässlor och sly. Förutom i albårder kring Sundsvallsbukten finns den i lundar under sydberg och bergknallar i kustområdet. Några gånger är den också funnen i rikbäcksmiljöer (Tuna) och i älvraviner (Timrå, Njurunda). Arten påminner i sitt uppträdande både om flenört Scrophularia nodosa och skelört Chelidonium majus men är ofta mer stationär än dessa. Ibland kan dock nejlikrot dyka upp i stadsmiljöer i Sundsvall, under häckar, i tomtkanter och kring hällar och liknande. Arten befinner sig på sin nordliga utbredningsgräns och dess utbredning västerut i Medelpad begränsas sannolikt främst av klimatet.