Nålsäv hittar man mer under än över vattnet. Den växer på strandens nedersta, tidvis översvämmade del och följer med ner till ett par meters djup. På djupt vatten blommar den inte men känns igen på sina utlöpare och karaktäristiskt trådsmala blad. Ovan vattenbrynet hittar man små blommande ”nålar”. Arten förekommer regelbundet på finsedimentstränder i inlandet. På lerbottnar kan dess tuvor bilda täckande bestånd. Den är vanligast längs älvarna, i älvsjöar och mynningsområden och ingår där i ävjebroddssamhället i långgrunda vikar och i deltan. Den finns även i större näringsrikare åar. I sjöarna – där den vanligen är helt submers – ses den oftast i större medelrika sjöar på gyttja och finsediment; den finns också i vissa rikare skogssjöar men saknas i de fattigare med sina grövre morän- och dybottnar. Vid havet är den inskränkt till älvarnas mynningsområden och i brackvattenområden som i Sundsvallsbukten och Tynderösundet.