Dvärgigelknopp förekommer i mindre och grunda vatten, främst i skogsmark och i kulturbygder. Den är den vanligaste igelknoppsarten i skogsbäckar – i nästan varje bäck ser man de breda, okölade bladen vaja i strömmen. Då är den vegetativ och svårbestämd, men den blommar där bäcken flyter ut i någon lugn hölja eller om bladen torrläggs, t.ex. under en torr, varm högsommar. Arten växer också i dyiga kanter av små lugna tjärnar, i strandnära vattensamlingar och tidvis vattenfyllda gropar i skogen. Ibland ses den i myrgölar, särskilt i Njurunda, eller i myrdiken. Dvärgigelknopp kan också etablera sig i kulturskapade småvatten som fiskdammar, vattenfyllda täkter o.dyl. Vid havet växer den i hällkar som på östra stranden av Brämön (Njurunda). Den är mindre frekvent i de näringsrikaste miljöerna – där den nog konkurreras ut – men också i de magraste.