Kustarun förekommer på den låglänta kusten i södra Njurunda upp till Lörudden. Detta utgör också artens nordgräns längs svenska Östersjökusten, även om tillfälliga fynd gjorts längre norrut (jfr nedan och Mascher 1990). Den tvååriga arten växer solöppet, enstaka eller i små bestånd, på små strandängar och moränstränder i skyddade vikar och sund, i artrika miljöer i strandens mellersta del, där vegetationen inte är allför tät eller högvuxen. Följearter är t.ex. ormtunga Ophioglossum vulgatum, strandaster Tripolium vulgare och klapperögontröst Euphrasia frigida var. baltica. Collinder (1909) noterar bara en aktuell lokal, vilket möjligen kan tyda på expansion.