Sumpförgätmigej tillhör älvarnas och åarnas zonerade stränder. Den växer där på sediment eller mellan block på moränsträndernas nedre del. Den är anpassad till vårhögvatten och blommar under högsommarens lägre vattenstånd, ofta småvuxen och enstaka i gles vegetation. Följeväxter är bl.a. dyveronika Veronica scutellata och knappsäv Eleocharis palustris. Denna biotop har till stor del försvunnit p.g.a. vattenregleringarna. Sannolikt förekom den tidigare längs hela Indalsälven men är nu nästan borta där. Den växer också på zonerade sjöstränder, särskilt vid större medelrika sjöar på fast morän eller ibland på fuktig sand, t.ex. Stöde Viggesjön. Man kan även finna den vid havet, då i skyddade lägen på sötvattenpåverkade mineralstränder. Någon gång står den i ljusöppna bäckar, i källflöden eller i översilad skog. Den uppträder mindre ofta på kulturskapade lokaler än äkta förgätmigej M. scorpioides men kan någon gång ses på rörd mark i diken, vid kulturbäckar och t.o.m. i kraftledningsgator i Haverö och Hässjö. Mer märkligt är att sumpförgätmigej någon gång setts i rikkärrsmiljö.