Harsyra är en näringskrävande och mycket skuggtålig skogsväxt, karakteristisk för täta, näringsrika granskogar, inte minst nära odlingsbygd i dalgångarna och vid kusten. Där är den inte sällan ensamrådande i barrmattorna. Inom norra Alnöns kalkområde kan den ses i stora täckande mattor i granskogen, t.ex. i området Smedsgården–Stolpås. Den föredrar frisk till något fuktig mark, men i sumpskog och myrkanter finns den istället uppe på lågor, stubbar, tuvor och rötter. Den växer också i rikare löv- och blandskog, som i al- och hägglundar, i raviner, under branter och mindre lundar. Även i albårder längs vattendrag och vid havsstranden förekommer den regelbundet. Harsyran nyetablerar sig i kulturlövlundar, särskilt på sedimentjordar. Den kan också dyka upp i skuggiga lägen på kulturmark kring gårdar, t.ex. under ladugårdsbryggor, häbbren, och intill norrväggar liksom under täta häckar och i bersåer. I tätorter kan man finna den i skuggiga parker, t.ex. i Fridhemsparken i Sundsvall.