Hästskräppa hör hemma på de näringsrikare stränderna vid vattendrag och sjöstränder i landskapets lägre partier, vid kusten och i dalgångar. Vid älvarna är den typisk i de små vikar som bildas vid bäckmynningarna. I den miljön förekommer den regelbundet, t.ex. i Ljungans mellersta del. Längs åarna finns den ofta i bakvatten och i forsarnas kvisslor (grenar). I eutrofa sjöar och tjärnar växer den framförallt i skyddade sedimentvikar och avsnörningar. En typisk miljö för hästskräppa är också bäckar eller vattenförande diken i odlingsmark, helst på lerjord. Däremot saknas den vanligen vid skogsbäckar. Vid havet förekommer hästskräppan i brackvattenmiljöer, särskilt i näringsrika bäck- och källutlopp.